几种类型的正常和肿瘤FFPE标本!古老的样本是在1976年确定的,新的样本是在2015年。采用定量RT-PCR方法对可扩增的RNA进行相对定量!Ct值重复测量三次!使用一个高表达基因(TPT1)的83bp扩增子,并分析熔体曲线以确保特异性扩增!RNAstorm™试剂盒大幅增加了可扩增RNA的产量,虽然Qubit测量的RNA浓度通常也更高(数据未显示),但仅这些浓度差异并不足以解释RNAStorm™试剂盒和KitQ之间Ct值的巨大差异!
润滑步骤:我们建议在pH8使用三或EDTA缓冲区(未提供)!或者,也可以使用无核酸酶的水!正在准备该组织DNAstorm™套件可用于5-10µm厚的FFPE段!对于每个隔离装置,应使用1至4个部分!组织的总表面积应在10至100mm2之间.或者,同等量的组织可以使用组织研磨机/均质器或小研钵和杵进行研磨或压碎!细胞数据科学RNAstorm™新鲜细胞和组织试剂盒——快速分离高质量的总RNA优点:◆短短20分钟即可获得高质量的总RNA◆简单的工作流程可产生多达120µgRNA◆包括DNase处理◆无苯酚-氯仿,无乙醇沉淀应用领域二代测序,基因芯片,PCR,定量PCR试齐盒类型手动(核酸纯化柱)样品量多达107动物细胞高达30毫克的动物组织提取时间20分钟试剂盒成份裂解缓冲液FRB缓冲液冲洗缓冲液DNase缓冲液DNaseI核酸纯化柱从单个ffpe样品中提取双dna/rna的方法该方案的修改允许从相同的FFPE输入组织样本中提取DNA和RNA.
然后,然后得到纯RNA用无rnase的水或低盐缓冲液洗脱!解除交联的以及溶解:该组织被处理成从组蛋白和其他细胞成分中释放DNA,并去除甲醛诱导的修饰!酶A处理:使用RN酶A降解污染的RNA.此步骤是可选的,但强烈推荐使用!DNA基因分离:从DNA中去除细胞碎片、蛋白质和其他杂质!在结合缓冲器存在时,DNA首先绑定到自旋柱上,然后使用洗涤缓冲器清洗!纯DNA终用水或低盐缓冲液进行洗脱.储存条件:该套件的所有部件都应储存在室温下!
3dv200(RNA片段200bp的百分比)是一种测量方法,特别是当终使用是Illumina平台上的RNA-Seq时!因此,在本注释中使用该度量来估计RNA的完整性从FFPE样本中检测可扩增RNA的恢复情况,RNAStorm™RNAFFPE提取试剂盒在几个FFPE组织样本上进行了测试!为了确保RNA恢复的可重复和定量测量,使用RNAstorm™试剂盒从每个组织块中提取两两FFPE切片流行的商业工具包(包Q).
所需材料:·1RNAstorm™试剂盒(CD201或CD501)·1DNAstorm™试剂盒(CD202或CD502)首先根据RNAstorm™试剂盒协议提取样本,并进行以下修改:a)在72˚C下执行步骤3(通常为2小时孵育)30分钟!有关此步骤的可能优化,请参见注意事项!b)按照指示执行RNAstorm™协议的步骤4和步骤5,但在步骤5中不要丢弃颗粒!c)按照步骤6中的指示,将上清液转移到一个新的试管中!
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